5.5.- Caracteristicas de los reinos agrupados en el dominio Eucaria.

Los eucariontes se dividen tradicionalmente en cuatro reinos: Protista, Plantae, Animalia y Fungi (aunque Cavalier-Smith²² reemplaza Protista por dos nuevos reinos, Protozoa y Chromista, este último a veces se amplía a Chromalveolata). Esta clasificación es el punto de vista generalmente aceptado en actualidad, aunque ha de tenerse en cuenta que el reino Protista, definido como los eucariontes que no encajan en ninguno de los otros tres grupos, es parafilético. Por esta razón, la diversidad de los protistas coincide con la diversidad fundamental de los eucariontes.

La reciente clasificación de Adl et al (2005)²³ evita la clasificación en reinos, sustituyéndola por una acorde con la filogenia actualmente conocida, en la que por otra parte a los clados o taxones no se les atribuye ya categoría alguna, para evitar los inconvenientes que suponen éstas para su posterior actualización. El primer nivel de esta clasificación²⁴ (equivalente a reinos en clasificaciones anteriores) es aproximadamente como sigue:

• Opisthokonta (incluye animales, hongos y coanozoos)
• Amoebozoa (algunas amebas y hongos mucosos)
• Rhizaria (incluye a foraminíferos, radiolarios y varios ameboflagelados)
• Excavata (diversos flagelados)
• Primoplantae o Archaeplastida (que incluye plantas, algas verdes, algas rojas y glaucofitas)
• Chromista (incluye algas pardas, diatomeas, cocolitóforos, oomicetos, etc)
• Alveolata (ciliados, apicomplejos y dinoflagelados)

Chromista y Alveolata forman parte de un clado denominado Chromalveolata que ancestralmente pudiera ser fotosintético. Varias autoridades reconocen dos clados más grandes: Unikonta, que incluye Opisthokonta y Amoebozoa, y Bikonta, que incluye al resto. Unikonta derivaría de un organismo uniflagelado ancestral mientras que Bikonta lo haría de un biflagelado ancestral. Nótese que una forma ameboide o flagelar no indica la pertenencia a un grupo taxonómico concreto, como se creía en clasificaciones tradicionales, creando grupos artificiales desde el punto de visto evolutivo (ver polifilia).

Algunos grupos pequeños de protistas no han podido ser relacionados con ninguno de estos grupos, en particular Centrohelida.