5.3.- Diferencias entre los organismos de dominio Eubacterias y de dominio Arqueobacterias.

MEMBRANA PLASMÁTICA: Poseen fosfolípidos basados en glicerol. Los lípidos de las 

ARCHAEAS son únicos porque la estereoquímica del glicerol es opuesta a la encontrada en bacterias y eucariontes. Presentan enlaces ÉTER. La mayoría de bacterias y eucariontes tienen membranas compuestas principalmente por GLICEROL que se une a las cadenas laterales mediante enlaces ÉSTER, mientras que en las archaea la unión es por enlaces éter. Estas diferencias pueden ser debidos por una adaptación de las archaea a los ambientes hipertermófilos. Sin embargo, las archaea mesófilas tienen lípidos ligados por éter. Las cadenas laterales de las membranas celulares también tiene una composición distintiva en Archaea, pues son cadenas ISOPRENOIDES (compuestas de 20 o incluso 40 átomos de carbono), mientras que en Bacteria y Eukarya están compuestas por ácidos grasos (de 16 a 18 átomos de carbono).

PARED CELULAR: Las paredes celulares de las archaea no tienen paredes de peptidoglucano como en las bacterias, aunque en un grupo de metanógenos contiene PSEUDOPEPTIDOGLUCANOS (se diferencia en la composición y en los enlaces). Tampoco tienen paredes de celulosa como las plantas ni de quitina como los hongos. Las paredes celulares de otras archaea carecen tanto de peptidoglicano como de seudopeptidoglicano y se componen de POLISACÁRIDOS, 

GLUCOPROTEÍNAS o PROTEÍNAS. El tipo más común de pared es la capa superficial paracristalina (capa S) que está formada por proteína o glucoproteína. Las capas S son comunes en las bacterias, donde constituyen el único componente de la pared celular en algunos organismos (como en Planctomyces) o la capa externa de muchos otros organismos con peptidoglicano. La archaea Thermoplasma carece de pared celular.

ARN: La traducción usa factores de iniciación y de alargamiento del tipo eucarionte y la transcripción implica proteínas de unión TATA y TFIIB como en los eucariontes. Muchos genes ARNr y ARNt de las archaea albergan INTRONES únicos que no se encuentran ni en eucariontes ni en bacterias. Otros elementos característicos de los genomas de las archaea son la organización de genes de función relacionada, tales como las enzimas que catalizan las etapas de la misma ruta metabólica, nuevos operones y grandes diferencias en genes ARNt y sus aminoacil ARNt sintetasas. Las funciones e interacciones de la ARN polimerasa en la transcripción en Archaea está relacionada con la de Eukarya, con un similar ensamblado de proteínas (factores de transcripción genéricos) dirigiendo la unión de la ARN polimerasa a un promotor de gen. Sin embargo, muchos otros factores de transcripción en las archaea son similares a los de bacterias.